Действие происходит на территории Москвы после некоего катаклизма, именуемого в романе «взрывом». Эта антиутопия пропитана иронией и сарказмом. Роман был задуман в 1986 году после чернобыльской катастрофы. Писался 14 лет — с большими перерывами, иногда по четыре года. Толстая объясняет такой срок написания романа сложностью выработки языка, характерного для его персонажей. После публикации в 2000 г. «Кысь» вызвала ожесточённую полемику в литературной среде, став одним из немногих интеллектуальных бестселлеров современной русской литературы: только в 2002 г. было продано свыше 80 тысяч экземпляров.⠀
?Действие романа происходит после «взрыва», в мире мутировавших растений, животных и людей. В массах прежняя культура отмерла, и только те, кто жил до взрыва (т. н. «прежние»), хранят её. Главный герой романа, Бенедикт — сын «прежней» женщины Полины Михайловны. Существенное влияние на Бенедикта имеет другой «прежний», близкий друг его матери — Никита Иванович. В романе последовательно раскрывается жизнь Бенедикта — его возвышение от простого служащего до одного из руководителей города-государства.⠀
?Образ Кыси — некоего страшного существа — проходит сквозь весь роман, периодически возникая в представлении и мыслях Бенедикта. Сама Кысь в романе не фигурирует, вероятно, являясь плодом воображения персонажей, воплощением страха перед неизвестным и непонятным, перед тёмными сторонами собственной души. В представлении героев романа Кысь невидима и обитает в дремучих северных лесах. «Сидит она на темных ветвях и кричит так дико и жалобно: кы-ысь! кы-ысь! — а видеть её никто не может.
Пойдет человек так вот в лес, а она ему на шею-то сзади: хоп! и хребтину зубами: хрусь! — а когтем главную-то жилочку нащупает и перервёт, и весь разум из человека и выйдет» (Татьяна Толстая, «Кысь»).⠀
Основная проблема романа — поиск героями утраченной ими духовности, а также внутреннего спокойствия и гармонии. Ушла преемственность поколений, из-за этого нарушаются многие исторические связи. По мнению большинства литературоведов, это роман о несбывшихся в жизни надеждах и несостоявшихся ожиданиях, которые сталкиваются с жестокой правдой жизни. ?Толстая в своем произведении утверждает, что какой бы возвышенной ни была конечная цель, не все средства допустимы для ее достижения.